该剧改编自安东尼·霍洛维茨系列小说《少年007》，讲述了亚历克斯·莱德从普通的中学生到成功击破阴谋拯救世界的少年间谍的故事。第二季中，亚历克斯仍然在波因特·布兰科学院造成的创伤中挣扎。但当他的新朋友萨宾娜·普莱森斯的父亲、记者艾德·普莱森斯遭到亚森·格雷戈罗维奇的袭击，而亚森可能杀死了他的叔叔时，亚历克斯不情愿地发现自己再次踏入了国际间谍世界。亚历克斯与他在阴暗的军情六处部门内曾经的盟友断绝关系之际发现了被称为“烟镜”的危险黑客和科技亿万富翁达米安·克雷之间的联系。在他的监护人杰克·斯塔布莱特和值得信赖的朋友汤姆·哈里斯的帮助下，亚历克斯必须解开一个具有全球影响的险恶政治阴谋，而解决的关键可能锁定在克雷的产品——全球现象视频游戏《羽蛇2》中。

在叔叔去世后，亚历克斯想重新开始生活，他接受兰伯特医生的治疗，但兰伯特却认为他所讲的都是编的或者幻想。亚历克斯的监护人杰克现在是伦敦一家律师事务所的实习生，她决定带亚里克斯去度假以缓解压力。亚历克斯在海滨发现有人尾随自己，可能是一直在追着自己的神秘人亚辛，但没有追上他。亚历克斯偶遇了女孩萨邦娜，汤姆逗他对萨邦娜一见钟情，亚历克斯去萨邦娜家里借咖啡并邀请她一起散步。两人离开时，发现来修网络的工人正开车离开，而这个人正是亚辛。亚辛离去后房子突然爆炸。亚历克斯说爆炸是亚辛设下的圈套，但警方却不相信，反而怀疑他才是罪魁祸首。亚历克斯回到伦敦，想要跟军情六处的上司取得联系。

《少年间谍亚历克斯》根据安东尼·霍洛维茨同名小说改编，当亚历克斯·莱德得知他的叔叔伊恩是作为一名英国间谍在执行任务时被杀的，而不是像他被告知的那样死于车祸时，他的生活被彻底改变了。英国军情六处一个阴暗分支部门的负责人艾伦·布朗特向亚历克斯透露，他从小就在不知不觉中接受过间谍训练。迫于压力，亚历克斯不得不帮助调查他叔叔的死因，以及这件事与两名知名亿万富翁遇刺案有何关联，他不情愿地接受了一个新身份，他曾经的克星亚森·格里戈罗成为了他的老师，亚历克斯开始了作为天蝎座特工的训练。但随着调查的深入，亚历克斯意识到天蝎座试图操纵他，把他变成对抗政府部门的武器，多亏他与生俱来的善良战胜了一切，成功阻止了一场阴谋，与他的朋友们面对着光明的未来。